Die Fermentation der resistenten Stärke im Dickdarm und das Entstehen von kurzkettigen Fettsäuren (insbes. Butyrat) macht die resistente Stärke zu einem Prebiotikum. Das bedeutet, sie liefert das Futter für die guten Darmbakterien und unterstützt die Regeneration der Zellen der Darmschleimhaut. So stellt sie eine gute Möglichkeit dar, die probiotischen Mikroorganismen zu unterstützen (z.B. Bifidobakterien). Das bakterielle Mikroklima im Darm wird wahrscheinlich durch sogenanntes colonic food (z.B. resistente Stärke, Ballaststoffe) positiv beeinflusst. Immer mehr Studien deuten darauf hin, dass die bakterielle Zusammensetzung des Darms auch im Zusammenhang mit Übergewicht steht.  (Brown and others 1996). Trotz dieser Erkenntnisse blieb bisher weitgehend unberücksichtigt, dass die Ernährung eine ausreichende Zufuhr geeigneter Substrate für die intestinale Mikroflora des Menschen einschließen sollte (Jacobasch, Schmiedl, 2002).

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